Le Congrès
Le Congrès est l’instance suprême de la FAE. Il est composé des membres du Comité exécutif (CE) et de plus de deux cents personnes déléguées des syndicats affiliés. Chaque syndicat affilié forme sa délégation sur la base d’un nombre de personnes déléguées proportionnel à la hauteur de son membership.
Le Congrès se réunit tous les trois ans pour adopter notamment, les orientations politiques, les orientations du plan d’action triennal ainsi que pour l’élection des membres du Comité exécutif.
Le Congrès de fondation de la FAE s'est tenu du 26 au 29 juin 2007 à Montréal. À cette occasion, les statuts et règlements permanents ainsi que les orientations politiques de la Fédération ont été adoptés. De plus, le Congrès a procédé à l’élection des cinq membres du Comité exécutif pour un mandat de trois ans.
Le IIe Congrès de la FAE s'est tenu en juin 2008 à Montréal. Les personnes déléguées au Congrès ont débattu notamment, du développement des structures de la Fédération.
Le Conseil fédératif
Le Conseil fédératif (CF) est l’instance décisionnelle entre les Congrès. Il est composé des membres du CE et de délégations de chaque syndicat affilié. Le CF adopte, entre autres, les plans d’action, les stratégies de négociation et le budget de la Fédération.
Chaque personne déléguée au CF a le droit de parole, de proposition et de vote. Les votes sont pondérés en fonction du nombre de membres de chaque syndicat.
Le Conseil fédératif se réunit habituellement une fois par mois et les réunions se tiennent à huis clos sur le territoire des différents syndicats affiliés à la Fédération.
Le Comité exécutif
Le Comité exécutif (CE) est actuellement composé de cinq membres élus par le Congrès. Ces membres forment l’instance de direction de la FAE. Dans ses attributions, le CE veille à l’application des mandats adoptés en Conseil fédératif et au Congrès, représente officiellement les syndicats affiliés auprès des divers organismes nationaux et voit à l’organisation des services aux syndicats affiliés et à la gestion des ressources humaines, matérielles et financières de la FAE. Cette instance se réunit au moins une fois par mois.