Insatisfaits des stratégies d’action et de négociation de la FSE et de la CSQ, notamment dans les dossiers de l’équité salariale du personnel enseignant, de la réforme de l’éducation et du renouvellement de la convention collective nationale 2005, neuf syndicats de l’enseignement ont enclenché au printemps 2006, une démarche de désaffiliation de la Centrale des syndicats du Québec (CSQ) et de sa composante enseignante, la Fédération des syndicats de l’enseignement.

Le 7 juin 2006, à l’occasion d’un référendum tenu dans plus de 800 établissements scolaires, les membres de ces neuf syndicats ont voté, à la majorité, de se désaffilier de la CSQ.

Le 28 juin 2006, à l’occasion d’une rencontre du Conseil fédératif, les déléguées et délégués des neuf syndicats de l’enseignement ont déclaré publiquement leur désaffiliation de la CSQ et résolu de fonder la Fédération autonome de l’enseignement, tout en confirmant leur adhésion à la nouvelle organisation syndicale établie sur la base de leurs aspirations.

Les statuts provisoires de la FAE ont été adoptés et les membres du Comité exécutif ont été élus à cette même instance.

Le Congrès de fondation de la FAE s'est tenu du 26 au 29 juin 2007 à Montréal. Les statuts et règlements permanents ainsi que les orientations politiques de la Fédération ont été adoptés. Le Congrès a également élu les cinq membres du CE pour un mandat de trois ans.